Tereny te do XVI w. pozostały niemal bezludne, a porastające je lasy stanowiły królewskie i książęce tereny łowieckie. Początki gospodarki leśnej w Puszczy związane są z organizacją służby łowieckiej, która przekształciła się, na mocy ustawy ekonomicznej wydanej w 1557 roku przez Zygmunta Augusta, w administrację leśną. W 1559 roku Puszczę Perstuńską podzielono na 40 ostępów łownych – jako najmniejszych jednostek administracyjnych, który to podział utrzymał się do pierwszego rozbioru Polski.

Prawdopodobnie dopiero w XVI w. zaczęto użytkować lasy Puszczy Augustowskiej. Pozyskane drewno spławiano dwiema drogami: rzeką Marychą i Czarną Hańczą, a potem Niemnem do Królewca, lub Rospudą, Nettą, Biebrzą i Wisłą do Gdańska. Poza pozyskaniem drewna wypalano potaż, węgiel, pędzono smołę i dziegieć, zajmowano się zbieractwem, łowiectwem i bartnictwem. Z biegiem lat handel drewnem i produktami drewnopochodnymi nasilał się, aby w XVIII w. za czasów podskarbiego Wielkiego Księstwa Litewskiego Antoniego Tyzenhauza osiągnąć najwyższy poziom.

Prawdopodobnie dopiero w XVI w. zaczęto użytkować lasy Puszczy Augustowskiej.

W latach 1824-1839 wybudowany został Kanał Augustowski łączący Niemen z Wisłą przez rzekę Nettę, Biebrzę, Narew oraz szereg jezior. Istniejąca wzdłuż kanału różnica wzniesień ok. 40 m została wyrównana przez 18 śluz. Dział wodny przebiega w okolicy Suchej Rzeczki (130 m n.p.m.) a rezerwuarem wodnym dla kanału jest jezioro Serwy. Należy przypuszczać, że obniżenie poziomu wody w tym jeziorze oraz wahania wysokości wody podczas spławu, mogły wpłynąć na obniżenie sprawności i produkcyjności siedlisk leśnych
w strefie kanału.

W 1986 r. Minister Rolnictwa, Leśnictwa i Gospodarki Żywnościowej decyzją z dnia 9 lipca 1986 roku ustalił „Podstawowe zasady prowadzenia gospodarki leśnej w Puszczy Augustowskiej" Zasady te zwane potocznie „Statutem Puszczy Augustowskiej" już na wstępie ustaliły, że „podstawowym celem gospodarki leśnej w Puszczy Augustowskiej jest dążenie do trwałości lasu o charakterze zbliżonym do naturalnego oraz zapewnienie warunków do maksymalnego spełnienia przez lasy wielorakich funkcji, tj. produkcyjnych, ochronnych i społecznych. Hierarchia ważności poszczególnych funkcji powinna wynikać z aktualnego stanu środowiska leśnego i z roli lasów określonej w odpowiednich planach zagospodarowania przestrzennego". „Statut Puszczy Augustowskiej" stanowił pierwowzór przyjętego w niedługim czasie w całym polskim leśnictwie modelu proekologicznej, trwale zrównoważonej gospodarki leśnej. Zasadniczą zmianą wprowadzoną w dotychczasowej gospodarce leśnej przez wejście w życie powyższych zasad było podniesienie wieku rębności dla sosny do 140 lat, świerka do 120 lat i dęba do 160 lat.